L’action de l’Union européenne en faveur de la préservation de la diversité biologique repose en particulier sur la création d’un réseau d’espaces, écologique et cohérent, dénommé réseau Natura 2000, en application de deux directives communautaires : les directives "Oiseaux" et "Habitats, Faune, Flore". La création de ce réseau constitue la contribution de l’Union européenne au volet « aires protégées » de la Convention sur la diversité biologique adoptée au Sommet de la Terre (conférence de Rio) en juin 1992. Les Outre-mer ne sont pas concernés par ce réseau.

La directive "Oiseaux" (2009/147/CE, version codifiée de la directive 79/409/CEE) met l'accent sur la préservation, le maintien et le rétablissement d’une diversité et d’une superficie suffisantes d’habitats naturels favorables à la conservation des oiseaux.
Les États membres doivent classer en zones de protection spéciale (ZPS) les territoires les plus appropriés et adresser à la Commission européenne des informations complètes sur les mesures prises sur ces zones. En septembre 2015, 392 ZPS sont désignées en France. Elles couvrent 79 066 km², dont 35 261 km² dans le domaine marin. Leur superficie terrestre représente 8,0 % du territoire national métropolitain et leur superficie marine 10,4 % des eaux françaises métropolitaines.

La directive "Habitats, Faune, Flore" (92/43/CEE) concerne la conservation des habitats naturels ainsi que celle de la faune et de la flore sauvages. Elle prévoit ainsi la désignation de zones spéciales de conservation (ZSC). Dans un premier temps, les États membres doivent proposer à la Commission européenne des sites d’intérêt communautaire (SIC) puis, dans un second temps, les transformer en ZSC après validation des propositions par l’Europe. En septembre 2015, on dénombre 1 364 sites. Ils couvrent 75 573 km², dont 27 921 km² dans le domaine marin. Leur superficie terrestre représente 8,7 % du territoire national métropolitain et leur superficie marine 8,2 % des eaux françaises métropolitaines.

Le réseau Natura 2000 est composé des SIC/ZSC et des ZPS. Certaines ZPS et SIC/ZSC pouvant se chevaucher, l’ensemble du réseau Natura 2000 sans doubles comptes couvre en France une superficie de 111 640 km², dont 41 670 km² dans le domaine marin (septembre 2015). La superficie terrestre du réseau représente 12,75 % du territoire métropolitain et sa superficie marine 12,3 % des eaux françaises métropolitaines.

Pour chaque site Natura 2000, des objectifs de conservation et de bonne gestion doivent être définis dans un document d’objectifs (DOCOB). Au 1er janvier 2016, 1 568 sites Natura 2000 sont dotés d’un DOCOB achevé (soit 91 % des sites), les DOCOB de 141 sites étant par ailleurs en cours d’élaboration (8 %) et ceux de 47 sites n’étant pas encore commencés (3 %).
La mise en œuvre des actions prévues dans le DOCOB est contractualisée sous la forme soit de mesures agro-environnementales entre le ministère en charge de l’agriculture et des agriculteurs, soit de contrats Natura 2000 entre le ministère en charge de l’écologie et des collectivités territoriales, des conservatoires d’espaces naturels et autres associations, des propriétaires privés (particuliers), des établissements publics (l’ONF notamment) ou des entreprises.

Voir aussi

Inventaire national du patrimoine naturel (Présentation de Natura 2000 et accès à différentes ressources) https://inpn.mnhn.fr/programme/natura2000/presentation/objectifs

Centre thématique européen sur la diversité biologique / réseau EIONET (Accès aux textes et aux annexes des directives "Oiseaux" et "Habitats") http://biodiversity.eionet.europa.eu/activities/Natura_2000/index_html