La métropole recoupe quatre des neufs domaines biogéographiques terrestres présents au sein de l’Union européenne (atlantique, continental, méditerranéen et alpin), et deux des cinq domaines biogéographiques marins de l’Union (atlantique et méditerranéen). Du fait de ce contexte biogéographique particulièrement favorable, la diversité des habitats en France est très importante. La France abrite 132 habitats (61 %) des 216 habitats d’intérêt communautaire présents sur le territoire de l’Union européenne, c’est-à-dire les habitats qui y sont rares ou en danger de disparition.

La directive "Habitats, Faune, Flore" (92/43/CEE) qui liste ces habitats d’intérêt communautaire prévoit que les États membres réalisent tous les six ans des bilans nationaux de sa mise en œuvre, notamment en évaluant l’état de conservation de ces habitats. Quatre catégories ont été créées pour indiquer l’état de conservation d’un habitat : favorable, défavorable inadéquat, défavorable mauvais et inconnu (données insuffisantes). L’évaluation tient compte de plusieurs paramètres : aire de répartition, surface occupée par chaque habitat, caractéristiques structurelles et fonctionnelles de l’habitat et perspectives futures de maintien de celui-ci. Il suffit qu’un seul paramètre soit mauvais pour que l’état de conservation global d’un habitat soit déterminé comme mauvais. Les habitats sont évalués séparément dans chacun des domaines biogéographiques où ils sont présents.

La dernière évaluation disponible porte sur la période 2007-2012. Les habitats sont évalués dans chacun des domaines biogéographiques où ils sont présents. 5 % des habitats présents en France sont dans un état de conservation inconnu. Globalement, 22 % des 301 évaluations concluent à un état favorable contre 38 % à un état inadéquat et 35 % à un état mauvais.

Le domaine alpin est le domaine biogéographique terrestre où les habitats se portent le mieux avec 42 % des habitats dans un état favorable. A contrario, le domaine atlantique est le plus affecté avec 86 % de ses habitats dans un état de conservation défavorable. La végétation des systèmes rocheux (éboulis, falaises) et les fourrés sclérophylles sont les catégories d’habitats les mieux conservées avec près des deux tiers évalués dans un état favorable : il s’agit d’habitats peu soumis aux pressions anthropiques. A contrario, les tourbières et bas-marais, les dunes ainsi que les habitats côtiers et marins sont les plus touchés avec respectivement 3 %, 5 % et 6 % seulement d’habitats classés favorables et 48 %, 62 % et 47 % d’habitats évalués dans un mauvais état de conservation. Cela est dû soit à une aire de répartition en régression, soit à une diminution des surfaces, soit à une dégradation de leur fonctionnement. Les pelouses et prairies se trouvent, quant à elles, dans une situation plus contrastée avec certes 18 % d’habitats dans un état favorable mais 53 % dans un mauvais état de conservation ; si ces formations sont mieux conservées dans le domaine alpin, leur situation demeure très préoccupante dans les domaines atlantique et continental. La diminution importante de leur surface et leur enrichissement en nutriments constituent les principaux facteurs de leur mauvais état de conservation.