L’accomplissement du cycle biologique des poissons dits amphihalins nécessite des migrations entre les eaux douces et la mer. Les principaux grands migrateurs présents en France sont le Saumon atlantique, la Truite de mer, les Aloses, l’Anguille, les Lamproies et l’Esturgeon. Ils naissent en eau douce, rejoignent la mer pour grandir et reviennent en rivière pour se reproduire, excepté l’anguille qui fait l’inverse.

Si les espèces amphihalines étaient abondantes en France jusqu’au XIXe siècle, la construction de barrages sur les cours d’eau et la pollution chronique sont responsables d’une régression importante de leurs populations au cours du siècle passé.
En 2013, 68 136 obstacles ont été répertoriés en France métropolitaine dans la base de données gérée par l’Office national de l’eau et des milieux aquatiques (Onema), sur les 120 000 estimés. Seuls 31 % d’entre eux ont un usage identifié.  13 % n’ont aucun usage avéré et la situation est inconnue pour plus de la moitié des obstacles (53 %). Les usages sont variés : hydroélectricité, irrigation, loisirs, aquaculture, mise en sécurité des berges…
La répartition des obstacles sur le territoire français semble aujourd’hui très inégale, même s’il faut rester prudent, dans la mesure où les compléments d’inventaire à venir pourront modifier cette répartition.

D’une manière générale, la partie Est de la France présente des fortes densités d’ouvrages. La partie Sud-ouest est plus homogène et présente une faible densité.

Au XIXe siècle, il a été estimé qu’entre 50 000 à 100 000 saumons remontaient chaque année la Loire. Un ordre de grandeur similaire était observé dans le Rhin. Plusieurs dizaines de milliers de poissons étaient également observées dans la Seine, la Dordogne et la Garonne. Les effectifs ont ensuite rapidement décliné, surtout à partir des années 1950, période durant laquelle le saumon s’est éteint sur le Rhin. Dans les années 1990, le niveau est devenu très préoccupant sur la Loire. Les enjeux sont pourtant importants car il s’agit de la dernière population de saumon d’Europe de l’Ouest adaptée à de longues migrations (800 km sur l’axe Loire-Allier).

À partir du milieu des années 1990, les bassins hydrographiques se sont dotés d’un premier plan de gestion des poissons migrateurs, avec l’installation de dispositifs de franchissement spécifiques pour faciliter le passage d’une partie des individus. Les connaissances actuelles identifient 2 601 obstacles aménagés avec ce type d’installations, soit 4 %, de l’ensemble des obstacles recensés. 44 % d’entre eux correspondent à des bassins successifs, 17 % sont des passes à ralentisseurs et 9 % permettent leur contournement. Les autres peuvent être des ascenseurs, des rampes, des écluses, des exutoires ou d’autres types de passes. Sur certains ouvrages des caméras ou des points d’observations sont installés afin de dénombrer les individus qui utilisent ces dispositifs de franchissement. Pour certains obstacles dégradés, une simple décision de ne pas les réparer peut s’avérer suffisante et épargner des dépenses importantes.

Les effectifs de saumons comptabilisés sur l’axe Loire-Allier subissent de fortes variations d’une année sur l’autre. Les années 2003 et 2006 sont des années record avec respectivement 1 238 et 950 saumons dénombrés à Vichy. En dehors de ces années particulières, le nombre moyen de saumons comptabilisés annuellement à la station de Vichy (à 650 km de la mer) atteint environ 568 individus au cours de la période 1996-2013, ce qui reste loin de l’objectif de 2 400 saumons initialement fixé pour l’année 2007. Avec 861 individus dénombrés en 2012 et 819 en 2013, les effectifs ont retrouvé leur plus haut niveau depuis 2006. Plus en amont, sur l’Allier à la station de Poutès, le nombre de saumons comptabilisés reste faible avec une moyenne de 72 individus identifiés sur la période 1996-2013, dont 45 pour l’année 2013, soit moins de la moitié des effectifs relevés en 2011.