Le loup, le lynx et l’ours brun sont trois espèces menacées et protégées. Leur cohabitation avec l’activité agropastorale est à l’origine de controverses. Ces espèces, autrefois largement présentes en Europe, ont vu reculer leur aire de distribution occidentale. En France, après avoir complètement disparu du territoire métropolitain, le loup et le lynx ont recolonisé certains massifs montagneux de l’est et du sud. La dynamique de l’ours brun est moins favorable, la population restant très menacée avec une trentaine d’individus dans le massif pyrénéen.

Le loup

Le loup gris (Canis lupus) est la plus répandue des espèces de Canidés. Son aire de distribution couvre une partie importante de l’Eurasie et de l’Amérique du nord. Des études génétiques récentes suggèrent que les premières domestications, qui ont abouti au chien domestique (Canis familiaris), remonteraient à environ 30 000 ans.
Présent sur 90 % du territoire il y a deux siècles, le loup a disparu de France à la fin des années 1930. Il a recolonisé naturellement le Parc national du Mercantour en 1992 depuis la chaîne des Apennins en Italie, puis s’est étendu dans les Alpes. La colonisation s’est poursuivie dans le Massif central, la partie orientale des Pyrénées et les Vosges. Depuis 2011, sa présence est signalée en périphérie est du Bassin parisien.
Le réseau loup-lynx est coordonné par l’Office national de la chasse et de la faune sauvage (ONCFS). Il assure le suivi des aires de répartition et de la démographie de ces espèces. Chaque année, il relève sur le terrain des indices qui permettent d’identifier des zones de présence permanente (ZPP).

Le nombre de loups présents en France durant l’hiver 2014-2015 est estimé entre 206 et 358 individus. C’est un léger repli par rapport à l’hiver précédent (entre 221 et 381 individus), sans pour autant remettre en cause la dynamique d’expansion observée depuis 1993. Sur l’ensemble de la période, les effectifs progressent en moyenne de 16 % par an.
Le nombre de groupes de loups sédentarisés a poursuivi sa tendance à la hausse. Il y aurait donc un tassement du nombre d’individus par groupe.
L’abondance de proies, avec l’accroissement des populations de Cervidés et d’Ongulés de montagne, favorise l’implantation permanente du loup en France. Le loup exerce également une prédation sur le cheptel en zone agropastorale. Par dérogation aux textes de protection de l’espèce, des tirs de prélèvement sont autorisés selon une procédure encadrée.

Le lynx

Le lynx boréal (Lynx lynx) est largement distribué en Europe et en Asie. Ses populations septentrionales et orientales restent abondantes. L’espèce n’est donc pas menacée d’extinction à l’échelle mondiale. En revanche, la population française est classée « en danger » sur la liste rouge nationale.
Le lynx était autrefois largement répandu en France continentale. La chasse et la réduction des surfaces forestières ont été les principales causes de sa régression. Disparu du Bassin parisien et des Vosges au cours du XVIIe siècle, du Massif central et du Jura dans la seconde moitié du XIXe siècle, il s’est néanmoins maintenu dans les Alpes jusqu’au début des années 1940. Dans la chaîne pyrénéenne, l’espèce semble s’être éteinte dans les années 1950.
La réintroduction du lynx en Suisse, au début des années 1970, a été un succès. Les animaux étaient d’origine slovaque et l’espèce a ensuite recolonisé naturellement la partie française du massif jurassien dès 1974. Cette population constitue aujourd’hui le principal noyau en France. Son effectif a été estimé autour d’une centaine d’individus en 2013. L’espèce est réintroduite dans les Vosges dans les années 1980. Un troisième noyau est apparu dans les Alpes au début des années 1990, très probablement en connexion démographique avec le noyau jurassien et peut-être aussi avec la population alpine suisse. Le nombre total d’individus présents en France n’est pas connu précisément.

À l’échelle nationale, l’aire de présence régulière ne cesse de croître depuis 1988. Cependant, cette extension s’explique uniquement par la consolidation du noyau jurassien. En effet, depuis une dizaine d’années, la tendance est à la stabilité dans les Alpes et au repli dans les Vosges.

L'ours

L'ours brun (Ursus arctos) était historiquement répandu sous les latitudes modérées et septentrionales des continents européen, asiatique et américain.
Autrefois présent sur l’ensemble du territoire métropolitain (hors Corse), l’ours a connu une chute démographique tandis qu’il était repoussé vers les massifs montagneux. La destruction des habitats et la chasse ont pratiquement causé l’extinction de l’espèce. Dans les années 1940, la population pyrénéenne, seule survivante, était estimée entre 100 et 150 individus. Tombée à moins de 70, cette population a commencé à se fragmenter en deux noyaux dans les années 1960, l’un à l’ouest, l’autre au centre. Seuls 7 à 8 individus subsistaient dans l’ouest de la chaîne au début des années 1990.