L’abondance de phosphore peut être à l’origine de phénomène d’eutrophisation des plans d’eau et de rivières et contribue également à l’eutrophisation des zones côtières. La directive cadre sur l'eau vise à l’atteinte du bon état des eaux. Elle demande d’atteindre des concentrations en phosphore faibles dans les eaux et de réduire les phénomènes d’eutrophisation. Cette directive est mise en œuvre via les schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux (sdage), qui identifient les actions à mettre en place pour préserver et restaurer la qualité des eaux.

Historiquement, la contamination des eaux par le phosphore était principalement due aux eaux résiduaires urbaines. Toutefois, les rejets ont fortement diminué depuis les années 1990, suite à la mise en œuvre de la directive sur les eaux résiduaires urbaines de 1991 et à l’amélioration des traitements dans les stations d’épuration ainsi qu’à l’abandon progressif des phosphates dans les détergents.
Ainsi, les rejets en phosphore de l’agriculture deviennent aujourd’hui plus apparents et peuvent représenter une partie non négligeable des apports phosphorés dans les eaux de surface : ceux-ci sont estimés à un tiers environ des apports totaux dans le bassin Seine-Normandie.

Il n’existe pas de réglementation nationale spécifique sur le contrôle de la pollution diffuse par le phosphore d’origine agricole. Toutefois, des réglementations locales s’appliquent en fonction des enjeux locaux, là où des problèmes liés au phosphore d’origine agricole ont été identifiés.

D'autre part, d’autres réglementations contribuent à la maîtrise des risques de contamination des eaux par le phosphore d’origine agricole, et notamment :
- les conditions applicables au stockage et à l’épandage des effluents d’élevage, en application des programmes d’actions nitrates et de la réglementation des installations classées pour la protection de l’environnement (ICPE) ;
- les bandes tampons le long des cours d’eau imposées par la conditionnalité de la politique agricole commune (PAC) et par les programmes d’actions nitrates ;
- la couverture des sols à l’automne (cultures intermédiaires pièges à nitrate) imposée dans le cadre des programmes d’actions nitrates en zones vulnérables.

La réglementation locale sur le phosphore agricole est principalement définie dans le cadre des schémas directeurs d’aménagement et de gestion des eaux, adoptés en application de la directive cadre sur l’eau (DCE). Ainsi, le sdage Loire-Bretagne prévoit que, pour ce qui concerne les épandages des élevages ICPE et les épandages de boues de station d’épuration et autres effluents (soumis à la loi sur l’eau) soumis à autorisation, leurs plans d’épandage doivent viser l’équilibre de la fertilisation phosphatée.

Pour mieux comprendre