La conchyliculture comprend l’élevage des moules, huîtres, palourdes et coques. Elle est la principale branche de l’aquaculture française. Elle doit faire face à la multiplication des usages du littoral et à la difficulté croissante de maintenir des eaux de qualité conforment à une réglementation de plus en plus stricte.

Les ventes de la conchyliculture s’élevaient à 491 millions d’euros en 2010/2011. Les principaux secteurs d’activité sont l'ostréiculture (production d'huîtres) et la mytiliculture (production de moules). Avec 84 100 tonnes en 2010, la France produit les 3/4 des huîtres européennes et est, avec près de 74 000 tonnes, le second producteur de moules en Europe derrière l’Espagne.
L’activité conchylicole est répartie sur l’ensemble du littoral. La Bretagne, le Poitou-Charentes et la Normandie représentent l’essentiel des volumes de moules et d’huîtres produits. En 2010-2011, l'activité concernait 2 967 entreprises et représentait 9 215 emplois équivalent temps plein.

De nombreuses incertitudes pèsent sur les activités conchylicoles en France. Les conflits d’usage liés à l’occupation de l’espace littoral s’aggravent (nautisme, déversement des sédiments portuaires dragués en mer…). Le renforcement des normes de qualités de l’eau ou sanitaires peuvent être à l’origine de l’interdiction de la vente des produits et provoquer ponctuellement ou de manière chronique des problèmes de trésorerie importants pour les entreprises.

La qualité microbiologique des zones de production a eu tendance à s’améliorer jusqu’en 2002. Après une phase de stabilité, elle semble depuis se détériorer avec une augmentation progressive de la part des zones en qualité « mauvaise » et une forte diminution des zones en bonne qualité (17 en 2012, soit 7 %). Ainsi, près de 90 % des eaux présentaient une qualité moyenne en 2012.
Sur les 10 dernières années, aucune tendance significative n’est observée pour une majorité des analyses (61 %), mais la situation se dégrade pour plus d’un quart d’entre elles, alors qu’elle s’améliore dans seulement 11,5 % des cas. 277 alertes pour risques de contamination ou mise en évidence de contamination ont été déclenchées en 2012 (231 en 2008), dont 42 de niveau 2. Les causes de cette dégradation sont complexes et peuvent être dues à plusieurs facteurs : inadéquation des ouvrages de traitement des eaux usées face à l’augmentation de la population, dysfonctionnement du réseau liés aux fortes pluviométries, aux variations saisonnières de la population (tourisme) et à l’évolution des pratiques agricoles (élevage, épandage…)… La recherche de phytotoxines est aussi réalisée sur les zones de production, par la surveillance des « bloom » du phytoplancton. Ceux-ci se déroulent à différentes périodes de l’année en fonction des espèces et du lieu où ces efflorescences se produisent.