La forte hausse des captures depuis les années 1970 a entraîné une diminution importante des stocks mondiaux de poissons (voir définition en fin d’article) et un déséquilibre des communautés vivantes dans de nombreuses zones de pêche. Cette érosion des stocks est amplifiée par la destruction ou la dénaturation des zones de reproduction et de nourricerie : estuaires, deltas, mangroves, marais littoraux. Les estuaires sont en effet très souvent le lieu d’implantation privilégiée de zones portuaires et d’industries destructrices des milieux naturels.

Pour lutter contre la diminution des stocks, l’Union européenne s’est dotée d’une politique commune de la pêche (PCP) dès janvier 1983. Elle a été révisée en 1992, 2002 et 2013. Des totaux admissibles de capture (TAC) qui fixent les quantités de poissons capturables par espèces et par zone de pêche, sont définis annuellement. Ces TAC, décidés par les ministres européens des pêches, sont partagés en quotas nationaux à l’aide d’une clé de répartition. Ils sont basés sur les travaux scientifiques mis en œuvre sous l’égide du Ciem (Conseil International pour l’Exploration de la Mer) et sont discutés préalablement par différentes instances.
Parallèlement aux TAC, une limitation de l’effort de pêche peut aussi être appliquée localement (limitation du temps passé en mer pour les navires de pêche), afin de réduire les rejets et les captures illicites. Il s’agit de mesures supplémentaires de conservation mises en œuvre dans le cadre de plans à long terme, comme pour le cabillaud de la mer du Nord et de la Baltique ou la sole de la Manche occidentale.
Depuis 2009, l'état des stocks de poissons dans les eaux Atlantiques européennes et les eaux adjacentes s'est amélioré suite à la mise en place de TAC plus réduits et de plans à long terme qui ont permis aux stocks de certaines espèces de se reconstituer. Davantage de stocks sont donc exploités dans les limites du rendement maximal durable (RMD) et les connaissances relatives à leur état s’améliorent. Ainsi en 2013, 29 % d’entre eux sont considérés comme exploités à l'intérieur des limites biologiques de sécurité et 21 % sont toujours considérés comme étant en dehors de ces limites biologiques. La situation reste cependant inconnue pour la moitié des stocks.

En 2013, 31 espèces ont fait l’objet de quotas de pêche dans l’Atlantique Nord-est, 21 benthiques et démersales (cabillaud, langoustine, sole…), 7 pélagiques (anchois, maquereau, thon rouge…) et 3 espèces profondes (grenadier de roche, sabre noir et lingue bleue). Toutes espèces confondues, les quotas alloués à la France représentent 5,8 % des TAC de la zone Atlantique et 10,3 % de ceux alloués à l’Union européenne (des quotas de pêche sont aussi accordés à d’autres pays que ceux de l’UE).
La France bénéficie d’une part importante de plusieurs TAC : lieu jaune (70 %), lingue bleu (55 %), baudroie (49 %), grenadier de roche (43 %), merlu (43 %), merlan (40 %), cardines (34 %)… Les quotas d’un même stock de poisson peuvent varier selon les zones concernées.

En Méditerranée, seul le thon rouge fait l’objet de quotas de capture. Les évaluations des autres espèces n’ont débuté que récemment, mais les premiers résultats indiquent que les trois quarts des stocks sont surexploités. Pour l’Atlantique Nord-est et la Méditerranée, la quantité totale de capture de thon rouge pour 2014 a été fixée, comme en 2013, à 13 400 tonnes, dont 18 % pour la France (2 471 tonnes). Actuellement le stock est considéré comme surexploité par rapport au niveau permettant d'assurer son rendement maximal, mais il reste géré dans le cadre d'un plan de reconstitution à long terme approuvé par la CICTA (Commission Internationale pour la Conservation des Thons de l’Atlantique). A la suite d’une forte diminution des quotas de capture, la situation du thon rouge s’est améliorée depuis 2009 mais reste fragile.